O objectivo do Mestrado em Engenharia Informática é o de complementar a formação sólida e de banda larga adquirida durante um primeiro ciclo em Engenharia Informática, ou equivalente, com uma formação avançada em áreas relevantes das Ciências de Engenharia Informática e em outras áreas transversais. Designadamente são objectivos do Mestrado:
A satisfação dos pressupostos de Bolonha nas suas várias vertentes, incluindo metodologias de ensino, a duração dos ciclos de estudo, a empregabilidade e a mobilidade dos alunos;
Oferecer formação directamente relacionada com as reais necessidades do mercado empregador;
Captar o interesse em frequentar o segundo ciclo do maior número possível de alunos do primeiro ciclo, quer da Universidade do Algarve, quer de outras universidade nacionais e estrangeiras;
Cultivar o interesse pelas actividades de investigação e oferecer a formação necessária à frequência num terceiro ciclo de formação conducente ao Doutoramento;
O reconhecimento do curso pela Ordem dos Engenheiros.